使用Python来简单处理TCGAbiolinks整理的表达矩阵以方便后续处理分析
Scanpy是一种可扩展的工具包，用于分析与Anndata共同构建的单细胞基因表达数据。它包括预处理，可视化，聚类，轨迹推理和差异表达测试。基于Python的实施有效地处理了超过一百万个单元的数据集。本文是学习Scanpy过程中的体会与记录。
起因使用ImageJ手动选定测定相对强度值操作繁琐、系统误差大，遂考虑用Python自动化的手段达到目的。需求首先检测荧光图像中参照通道的高亮点，并根据高亮点位置画设定大小的选择圈，然后在目的通道与参照通道的中测定选定圈内的中间密度值(int-density)，最后计算两个通道的比值。核心代码imp
